Zawieszenie kontroli podatkowych i postępowań podatkowych nie mogło trwać wiecznie - chociaż niektórych mogło zdziwić tempo "odmrażania" terminów i kontroli. Stało się to jeszcze pod koniec maja. W związku z tym skarbówka może już prowadzić kontrole.

Wielu przedsiębiorców może się zastanawiać, kogo w pierwszej kolejności skontroluje urząd skarbowy. Eksperci wskazują, że zainteresowanie fiskusa prawdopodobnie wzbudzą rozliczenia kosztów uzyskania przychodu na gruncie CIT związanych z pożyczkami między udziałowcami i podmiotami powiązanymi. Chodzi zarówno o wyłączenie z KUP odpowiedniej części kosztów finansowania dłużnego jak i o fakt, że powiązane podmioty mogą próbować udzielać sobie wzajemnie nieoprocentowanych pożyczek - czyli takich, które w wolnorynkowym obrocie gospodarczym właściwie nie powinny mieć prawa bytu.

Jeśli chodzi o to, kogo jeszcze być może skontroluje urząd skarbowy i jakimi kwestiami się zainteresuje, na baczności powinni mieć się przedsiębiorcy, którzy skorzystali z udogodnień podatkowych na mocy tarcz antykryzysowych. Mowa m.in. o przedsiębiorcach, którzy prowadzą działalność badawczo-rozwojową (i skorzystali z podatkowych ułatwień). Skarbówka może także w przyszłości zainteresować się firmami, które wykorzystają prawo do korzystnego rozliczenia strat podatkowych. To drugie wydaje się niemal pewne - zwłaszcza, że część przedsiębiorców może dzięki temu sporo zaoszczędzić. Warto zresztą zdawać sobie sprawę z faktu, że urzędnicy generalnie baczniej będą przyglądać się firmom, które w dużym stopniu skorzystały z rządowej pomocy. To jednak nie powinno raczej nikogo dziwić.

Zainteresowanie skarbówki mogą przyciągnąć także kwestie związane z podatkiem u źródła - a zwłaszcza należyta staranność w sprawdzaniu, czy podmiot, na rzecz którego jest wypłacana należność, jest beneficjentem rzeczywistym czy też powiernikiem. Od tego zależy zastosowanie zwolnień lub obniżonych stawek podatku, co z kolei jest podstawą do otrzymania zwrotu zapłaconego podatku. Jest to o tyle problematyczne, że przedsiębiorcy wciąż mają problem z interpretacją części przepisów dotyczących WHT i rozliczeniami w praktyce.

Warto zwrócić uwagę też na to, czego urzędnicy skarbówki nie robią - a chodzi o szybsze rozpatrywanie wniosków o zwrot VAT. MF rzekomo apelowało o jak najszybsze zajmowanie się takimi prośbami (rozważano nawet zwrot VAT w 15 dni), jednak urzędnicy niewiele sobie z tego robią. To z kolei wpływa na i tak złą płynność finansową firm. Jakby tego było mało, przedsiębiorcy muszą mierzyć się też z odmową ze strony urzędników - motywowaną np. tym, że gdzieś po drodze w łańcuchu dostaw doszło do oszustwa podatkowego. Dla skarbówki nie ma znaczenia, że sam podatnik był rzetelny, a z karuzelą VAT nie miał absolutnie nic wspólnego (i nie miał świadomości, że doszło do oszustwa na którymś etapie dostaw). Tym samym część przedsiębiorców może obawiać się czynności podejmowanych przez skarbówkę w ich kierunku, a część - wręcz nie może się tych czynności (w tym wypadku: rozpatrzenia wniosku) doprosić.